文件名称：ribosomal_snakemake
文件大小：383KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-05-12 14:37:42
Python
ribosomal_snakemake 核糖体蛋白树生成 使用15个核糖体蛋白序列生成核糖体蛋白系统发育树的工作流程。 可以使用蛋白质或DNA序列来构建树，将DNA序列用于更紧密相关的基因组，以及将蛋白质序列用于更趋异的基因组可能会有所帮助。 ＃通过conda安装：使用conda安装到linux或Mac OSX环境： 要求： 蛇形> = 3.5 python> = 3.3 biopython> = 1.77 钻石BLAST版本> = 0.9.32 马夫> = 7.429 fasttree> = 2.1.10或： iqtree> = 1.6.11 ncbi-genome-download> = 0.3.0 这个github文件夹中的Python脚本 如果需要，在conv_yaml目录中包含conda的environment.yaml。 安装conda： 在此处安装conda 通
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ribosomal_snakemake-main
----example_files()
--------genus.txt(25B)
--------atccs.txt(168B)
--------config.yaml(207B)
----Snakefile(7KB)
----images()
--------dag.svg(41KB)
----concatenated_ribos.fasta(0B)
----RC_snakemake.pdf(33KB)
----gbk2faa.py(849B)
----LICENSE.md(1KB)
----check_not_duplicatedIDs.py(1KB)
----download_snake.smk(2KB)
----genus.txt(24B)
----testfiles()
--------.snakemake()
----AdjustFasta.py(708B)
----gbk2ffn.py(1KB)
----README.md(4KB)
----workflow()
--------Snakefile(6KB)
--------scripts()
--------envs()
--------rules()
----RC_snakemake.jpg(190KB)
----config()
--------environment.yaml(6KB)
--------config.yaml(197B)
----renametreefromfiles.py(620B)
----staph_ribosomal_proteins()
--------atccS10.aa(185B)
--------atccS17.aa(170B)
--------atccS8.aa(214B)
--------atccL22.aa(200B)
--------atccL18.aa(203B)
--------atccL16.aa(228B)
--------atccL24.aa(188B)
--------atccL5.aa(261B)
--------atccL2.aa(361B)
--------atccL4.aa(290B)
--------atccS3.aa(300B)
--------atccL14.aa(206B)
--------atccL3.aa(303B)
--------atccL6.aa(260B)
--------atccS19.aa(175B)
----collect_from_diamond_blast.py(2KB)
----env_yaml()
--------environment.yaml(5KB)
----RC_snakemake2.jpg(186KB)
----blast_missing_seqs.smk(3KB)
----ribo_concat_diamond.py(3KB)