文件名称：CNV Explorer:癌症基因组学的交互式拷贝数分析-开源
文件大小：48.74MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-06-17 22:28:47
开源软件
用于基因发现的 CNV Explorer：https://arraycgh.shinyapps.io/CNV_Explorer/ 用于生存分析的 CNV Explorer：https://arraycgh.shinyapps.io/CNV_Explorer_Survival/ CNV_Explorer 是一种数据挖掘工具，适用于对结构和结构感兴趣的癌症研究人员癌症基因组中发生的拷贝数变化。 几乎所有癌症类型的大量基因组学数据现在都可以免费获得，并且一些在线数据库已经开始整理和存储这些信息。 然而，当前的工具专注于单个基因查询，而不是与某些研究人员更相关的基于染色体和区域的查询。 CNV_Explorer 根据公共（或您自己的）数据创建交互式 CNV 频率、GISTIC 样式和破损频率图。 CNV_Explorer 是用 R 和 Perl 编写的，可以使用 ShinyApps.io 在线部署。 CNV_Explorer 在 GNU 公共许可证 (GPL-3) 下可用。 检查Wiki，以获取有关如何运行自己的CNV_Explorer实例的详细信息！
【文件预览】：
README.txt
CNV_Explorer_Survival
----shinyapps()
--------arraycgh()
----ui.R(5KB)
----data()
--------LAML.renamed.filtered.seg.survival.Rdata(1.05MB)
--------UCEC.renamed.filtered.seg.survival.Rdata(1.97MB)
--------KIRP.renamed.filtered.seg.survival.Rdata(1.2MB)
--------SKCM.renamed.filtered.seg.survival.Rdata(1.76MB)
--------DLBC.renamed.filtered.seg.survival.Rdata(988KB)
--------BRCA.renamed.filtered.seg.survival.Rdata(3.22MB)
--------ALL_PATIENT_SURVIVAL.edited.txt(271KB)
--------THCA.renamed.filtered.seg.survival.Rdata(1.26MB)
--------LGG.renamed.filtered.seg.survival.Rdata(1.51MB)
--------CESC.renamed.filtered.seg.survival.Rdata(1.39MB)
--------OV.renamed.filtered.seg.survival.Rdata(2.88MB)
--------COAD.renamed.filtered.seg.survival.Rdata(1.6MB)
--------LIHC.renamed.filtered.seg.survival.Rdata(1.64MB)
--------STAD.renamed.filtered.seg.survival.Rdata(988KB)
--------THYM.renamed.filtered.seg.survival.Rdata(1015KB)
--------KICH.renamed.filtered.seg.survival.Rdata(981KB)
--------PRAD.renamed.filtered.seg.survival.Rdata(1.76MB)
--------KIRC.renamed.filtered.seg.survival.Rdata(1.48MB)
--------UCS.renamed.filtered.seg.survival.Rdata(1.11MB)
--------LAML.renamed.seg.survival.Rdata(1.05MB)
--------LUSC.renamed.filtered.seg.survival.Rdata(1.97MB)
--------HNSC.renamed.filtered.seg.survival.Rdata(1.77MB)
--------READ.renamed.filtered.seg.survival.Rdata(1.19MB)
--------LUAD.renamed.filtered.seg.survival.Rdata(1.88MB)
--------BLCA.renamed.filtered.seg.survival.Rdata(1.81MB)
--------ACC.renamed.filtered.seg.survival.Rdata(1.09MB)
--------GBM.renamed.filtered.seg.survival.Rdata(1.95MB)
----server.R(13KB)
preprocessing
----GBM.renamed.filtered.seg(4.61MB)
----process_CN_files.R(4KB)
----ref_data()
--------format_refseq.pl(1KB)
--------refseq_formatted.bed(742KB)
--------refseq_hg19.bed(7.16MB)
----TCGA_to_breaks.pl(2KB)
CNV_Explorer
----shinyapps()
--------arraycgh()
----ui.R(5KB)
----data()
--------LUSC.renamed.filtered.seg.standard.Rdata(597KB)
--------KICH.renamed.filtered.seg.standard.Rdata(466KB)
--------THCA.renamed.filtered.seg.standard.Rdata(464KB)
--------HNSC.renamed.filtered.seg.standard.Rdata(567KB)
--------LAML.renamed.seg.standard.Rdata(462KB)
--------KIRP.renamed.filtered.seg.standard.Rdata(491KB)
--------LUAD.renamed.filtered.seg.standard.Rdata(590KB)
--------KIRC.renamed.filtered.seg.standard.Rdata(508KB)
--------BRCA.renamed.filtered.seg.standard.Rdata(661KB)
--------SKCM.renamed.filtered.seg.standard.Rdata(581KB)
--------ACC.renamed.filtered.seg.standard.Rdata(488KB)
--------PRAD.renamed.filtered.seg.standard.Rdata(568KB)
--------OV.renamed.filtered.seg.standard.Rdata(666KB)
--------LIHC.renamed.filtered.seg.standard.Rdata(575KB)
--------DLBC.renamed.filtered.seg.standard.Rdata(471KB)
--------READ.renamed.filtered.seg.standard.Rdata(512KB)
--------UCEC.renamed.filtered.seg.standard.Rdata(605KB)
--------LAML.renamed.filtered.seg.standard.Rdata(462KB)
--------BLCA.renamed.filtered.seg.standard.Rdata(592KB)
--------STAD.renamed.filtered.seg.standard.Rdata(478KB)
--------GBM.renamed.filtered.seg.standard.Rdata(585KB)
--------LGG.renamed.filtered.seg.standard.Rdata(533KB)
--------CESC.renamed.filtered.seg.standard.Rdata(540KB)
--------COAD.renamed.filtered.seg.standard.Rdata(544KB)
--------UCS.renamed.filtered.seg.standard.Rdata(524KB)
----refseq_formatted.bed(742KB)
----server.R(15KB)
----TCGA_to_breaks.pl(2KB)