文件名称：iCAS - An Illumina Clone Assembly System:使用SOAPdenovo和ABySS的Illumina克隆装配系统-开源
文件大小：47.97MB
文件格式：BZ2
更新时间：2024-05-20 13:42:39
开源软件
在高通量测序时代，克隆克隆测序作为实现大型和复杂基因组高质量组装的一种手段，仍然具有重要意义。 然而，由于通过多重测序引入的不同数据特征，使用当前的全基因组组装者获得的组装体经常被碎片化，并且有时具有基因组完整性的问题。 使用iCAS，数据过滤过程基于新颖的kmer频率算法，从而实现了近乎完美的预组装读取。 重叠群使用不同的组装算法生成，然后合并在一起以实现更长的连续性。 将所有读段重新对齐至重叠群草案，并重新校准每个序列碱基即可达成最终共识。 使用完成的QC克隆，管道能够获得克隆覆盖率为99.7％和基本一致质量Q39的程序集。 由Wellcome Trust Sanger Institute开发。