文件名称：Illumina-pipeline
文件大小：35KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-04-17 02:36:02
Python
该存储库包含用于解释和分析Illumina测序数据的代码。 在此目录中创建一个“输出”文件夹，其中包含每个处理过的样品的生成图和读取的CSV文件。 入门： 要运行这些脚本，您需要能够运行python，perl，bowtie2和awk。 Mac / Linux 对于mac / linux，这仅意味着 ，任何最新版本都可以使用，并将提取的文件夹添加到PATH环境变量中。 其他应该已经存在于您的系统中。 视窗 对于Windows，你需要 ，下载bowtie2拉链标记mingw和Binaries压缩。 将bowtie2和gawk下载的文件夹放在将来不需要移动或删除它们的地方。 此外，对于Windows计算机，应确保它们位于完整目录路径中，且没有空格。 因此，如果您的用户名包含空格（例如C：\ Chris Acree \ important_downloads），请不要将bowtie2和ga
【文件预览】：
Illumina-pipeline-master
----pipeline()
--------plasmid_plot.py(8KB)
--------trans_dist_plot.py(14KB)
--------utils.py(3KB)
--------fingerprinting.py(3KB)
--------plotting.py(7KB)
--------__init__.py(0B)
--------read_aligner.py(11KB)
--------read_raw_files.py(3KB)
----main.py(3KB)
----plotting()
--------plasmid_plot.py(8KB)
--------trans_dist_plot.py(16KB)
--------genome_plot.py(6KB)
----test.py(227B)
----inputs()
--------experiment_info.csv(1KB)
----Dockerfile(409B)
----ingestion.sh(1KB)
----__init__.py(0B)
----requirements.txt(111B)
----.gitignore(90B)
----parameters.py(2KB)
----README.md(4KB)
----awk_commands()
--------yes_matches(12B)
--------no_matches(27B)