先卸载ArcGIS License Manager 10.3
安装ArcGIS License Manager 10.2.2
用keygen算出ArcGIS 10.3的许可，似乎本许可在ArcGIS License Manager 10.3下不能用。
然后合并CityEngine 2014和ArcGIS 10.3的许可。
详细步骤可参照本人博客：
CityEngine 2013部署安装 - wangshunli - 博客园
http://www.cnblogs.com/wangshunli/p/4048010.html
一文中的许可部分。
然后都可以使用了。
今天下午查了好长时间，都没有结果，后来换种思路，问题迎刃而解。
有两点没想到：
1.高版本的Arcgis desktop 用低版本的许可管理器，同样可以读取许可。
2.原本arcgis 10.3中的Data Interoperability也可以使用了。
一下解决了两个困扰很久的问题，有点出乎意料。