eclipse自动将src下的文件编译到WEB-INF/classes文件夹下

右键Project -> Properties -> Java Build Path -> Source 
上面一个大的输入区域，是用来选择源文件的目录的。 
下面还有个小的输入区域，是用来选择目标文件的目录的（也就是你编译后的文件放在哪）。 
源文件的路径可以是多个，但是目标文件路径只有一个。 
你在这里选择project/web-inf/classes这个目录就可以了。