cBioPortal数据库使用

cBioPortal数据介绍
cBioPortal 提供了研究分析癌症基因数据的可视化工具，帮助癌症组织和细胞学研究得到的分子学数据认识。cBioPortal 提供了研究分析癌症基因数据的可视化工具，帮助癌症组织和细胞学研究得到的分子学数据认识。
cBioPortal 数据来源和分析选项来源于多个网站，TCGA（https://tcga-data.nci.nih.gov/tcga）、ICGC(http://dcc.icgc.org) 、the Broad Institute’s Genome Data Analysis Center(GDAC) Firehose (http://gdca.broadinstitute.org)、the IGV、the University of California, Santa Cruz(UCSC) Cancer Genomics Browser(30)、IntOGen（31）、Regulome Explorer(http://explorer.cancerregulome.org)、以及On从mine(Reserach Edition)等。
检索过程
（1）选择癌症研究，通过下拉箭头进行选择。
（2）选择基因组配置。
（3）选择患者数，可以自行选择，也可以自己输入相应的样本。
（4）数据基因集合，可以手动输入或者通过限定的列表进行选择。
说明：对于癌症样本和基因集合的格式要求较小。用excel打开，然后复制样本直接粘贴进去即可。个别基因可能没有。
查询结果查看和解释
基于查询结果，cBioPortal 把每个基因分为有变异和无变异，这种分发可用于分析和可视化结果。
（1）OncoPrint 是一个一组肿瘤样本中多个基因的简明扼要的图形化结果。行代表基因，列代表样本。不同的颜色编码用于区分基因组的变异。将样本放在乳香上还可以

点击相应的样本，可以查看样本的完整临床信息、完整的mutations 和 copy number Alteration

（2）cancer type summary
这个结果展示了所有基因在cohort样本中突变情况的总结

（3）Mutual Exclusivity
查看肿瘤中的特定肿瘤相关基因排斥情况，可以探索肿瘤中一些发病机制
需要查看重点：OR计算（odds ratio）、P值用Fisher精确检验。
（4）Plot
单个基因的可视化分析，在查询是指定每个基因，cBioPortal会生成不同的散点图。
如 mRNA vs copy-number 展示的盒须图表示mRNA表达和它的拷贝数之间的关系。
展示了SOX9基因和SOX9样本之间的关系

（5）Mutation
Mutations栏提供了所有非同义突变的图形化和表格式结果，图形化结果展示Pfam蛋白质结构的上下所有的突变。所有DNA根据RefSeq isoform（http://www.broadinstitute.org/oncotator/）标准进行标准化，当DNA突变不在isoforms中时，图形化结果不包括这些结果。
突变图形下有一个所有非同义突变的表格。

（6）Co-expression
可以查看与检索基因共表达的基因，显著正相关或者显著负相关。
这里面有表格和两种基因的表达的散点图。
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（7）Enrichment
可以查看检索基因（or gene list的表达是否与某些基因Over-expressed 和 Under-expressed 显著富集
主要可以得到三种类型数据的富集分析结果：Mutations、Copy number、 mRNA

可以查看在 altered group 和 unaltered group中，是否存在显著富集的基因。
（8）CN Segments
（9）Survival
会计算至少有一处变异的肿瘤样本和无变异的肿瘤样本之间的总的生存率和无病生存率。结果以KM散点图显示并计算P值。

（10） Network
提供了癌症中变异之间的网络联系和相互作用分析。
Network默认自动包含检索基因的邻近基因。如果超过50个，之后50个高变异的邻近基因显示。cBioPortal 自动以颜色区分不同基因，同时把多维基因组数据合并到一个结点。可以突出突变、CNV、mRNA上调或者下调的频率。
药物默认是不在network中显示，但是可以使用Genes&Drugs菜单添加。
cBioPortal 包含的基因靶向药物信息可以从以下资源中获得：DrugBank， KEGG Drug，NCI Cancer Drugs 以及 Rask-Andersen等。
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从这里检索相关基因的所有存在的靶向药物

思考：
有几个关键可用信息：
（1）单个样本的完整突变信息。
（2）可以查看单个基因突变对于癌症样本的生存率的影响。

参考文档：
https://wenku.baidu.com/view/35e59bb076c66137ee0619d0.html

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