【文件属性】：
文件名称：pori_cbioportal:cBioportal适配器，用于在IPR中创建PORI报告
文件大小：23KB
文件格式：ZIP
更新时间：2021-04-21 00:57:25
genomics personalized-medicine pori Python
PORI c生物门
该库是一部分。
该python软件包使用IPR和GraphKB PORI适配器从cbioportal数据转储中创建PORI报告。
入门
通过点子安装
pip install pori_cbioportal
下载研究数据
研究数据应从cbioportal下载，例如
wget https://cbioportal-datahub.s3.amazonaws.com/laml_tcga_pan_can_atlas_2018.tar.gz
tar -xvzf laml_tcga_pan_can_atlas_2018.tar.gz
产生报告
然后将其用于生成研究中所有患者的个人报告。 请注意，您需要同时访问用于匹配的GraphKB服务器和用于上载的IPR服务器。
pori_cbioportal acc_tcga_pan_can_atlas_2018 \
acc_tcga
【文件预览】：
pori_cbioportal-master
----MANIFEST.in(55B)
----pori_cbioportal()
--------main.py(3KB)
--------expression.py(3KB)
--------util.py(669B)
--------study.py(17KB)
--------__init__.py(88B)
----tests()
--------__init__.py(0B)
----LICENSE(34KB)
----setup.cfg(37B)
----setup.py(2KB)
----.gitignore(216B)
----README.md(2KB)
----buildout.cfg(128B)