出现这种问题说明一般存在两个问题：
第一，vcf文件不足8个分割制表符，比如像如下文件：
为了解决这个问题，说明在做snp filter时候，需要提取至少8个制表符的字符串，比如，像如下文件所示：
第二个问题：字符串之间是非制表符分隔的，比如下图：
显然，上图字符串之间的间隔只有一个空格，因此需要将空格改为制表符格式，可以用以下脚本修改：
perl -alne '{print "$F[0]\t$F[1]\t$F[2]\t$F[3]\t$F[4]\t$F[5]\t$F[6]\t$F[7]\t$F[8]\t$F[9]"}' inputfile >outputfile
对于多个文件，可用以下循环命令：
for i in *.inputfile
do
echo $i
perl -alne '{print "$F[0]\t$F[1]\t$F[2]\t$F[3]\t$F[4]\t$F[5]\t$F[6]\t$F[7]\t$F[8]\t$F[9]"}' $i >${i%%.*}.outputfile
done
最后，转化的效果如下：
从上图可以 看出，字符串之间的间隔拉大了，即已经变为制表格格式。