【文件属性】：
文件名称：fastq_to_bam_paired_snakemake：遵循GATK最佳做法的蛇形将配对的fastq文件转换为可分析的bams
文件大小：6KB
文件格式：ZIP
更新时间：2021-02-18 10:39:20
fastq_to_bam_paired_snakemake
遵循GATK最佳做法，将成对的fastq文件转换为可分析的bams的snakemake。
该存储库包含运行snakemake所需的所有文件夹。 由于GitHub不允许空文件夹，所以results /和logs / cluster /当前包含占位符文件，但是将此存储库结构复制到服务器后，可以从服务器中删除这些占位符文件。
要运行snakemake，请按照这些文件中的说明更新config / samples.yaml和config / config.yaml，然后按照fastq_to_bam_paired.snakefile中的说明进行操作。 作为在弗雷德·哈钦森癌症研究中心工作的集群的工作，将启动蛇形步骤。
【文件预览】：
fastq_to_bam_paired_snakemake-master
----results()
--------placeholder.txt(1B)
----README.md(710B)
----config()
--------cluster_slurm.yaml(617B)
--------samples.yaml(285B)
--------config.yaml(2KB)
----fastq_to_bam_paired.snakefile(7KB)
----logs()
--------cluster()