【文件属性】：
文件名称：OUTRIDER:外向者
文件大小：733KB
文件格式：ZIP
更新时间：2021-05-10 10:47:54
rna-seq r diagnostics outlier-detection mendelian-genetics
外向者
OUTRIDER是一种在RNA序列样品中寻找异常表达的基因的工具。 该方法发表在，可通过。
安装
OUTRIDER是一个R软件包，需要运行。
我们将使用BiocManager来安装软件包及其依赖项。 如果要安装OUTRIDER版，请直接使用GitHub上的devtools进行安装 。
if (!requireNamespace("BiocManager", quietly=TRUE))
install.packages("BiocManager")
BiocManager::install('OUTRIDER')
如果在安装任何软件包时遇到依赖问题，请查看“疑难解答”部分或在提交问题。
OUTRIDER开发安装
如果要获取OUTRIDER的最新开发版本， OUTRIDER可以使用devtools从GitHub安装它。 为此，您需要一个有效的开发环境来编译C ++代码（有
【文件预览】：
OUTRIDER-master
----codecov.yml(176B)
----vignettes()
--------OUTRIDER.Rnw(24KB)
--------autoencoder_sketch.png(462KB)
--------bibliography.bib(11KB)
--------gradient.tex(4KB)
--------gradient.pdf(99KB)
----NAMESPACE(6KB)
----DESCRIPTION(3KB)
----src()
--------Makevars(157B)
--------loss_n_gradient_functions.cpp(4KB)
--------Makevars.win(157B)
--------RcppExports.cpp(6KB)
----inst()
--------CITATION(1KB)
--------extdata()
----R()
--------getNSetterFunsInternal.R(4KB)
--------method-counts.R(7KB)
--------updateTheta.R(1KB)
--------lossNGradientRVersion.R(2KB)
--------package-OUTRIDER.R(3KB)
--------pValMatrix.R(4KB)
--------sizeFactor.R(3KB)
--------class-OutriderDataSet.R(9KB)
--------thetaMethodOfMoments.R(656B)
--------getNSetterFuns.R(2KB)
--------ZscoreMatrix.R(2KB)
--------inputCheckerFunctions.R(3KB)
--------autoencoder.R(4KB)
--------PCAcorrections.R(823B)
--------helperFunctions.R(7KB)
--------updateE.R(794B)
--------filterExpression.R(9KB)
--------method-plot.R(41KB)
--------updateD.R(1KB)
--------method-results.R(4KB)
--------fitNB.R(4KB)
--------OUTRIDER.R(3KB)
--------RcppExports.R(1KB)
--------controlForConfounders.R(4KB)
--------method-evaluation.R(1KB)
--------method-gridSearch.R(8KB)
--------AllGenerics.R(1KB)
----.travis.yml(999B)
----.Rbuildignore(179B)
----LICENSE(1KB)
----README.md(3KB)
----NEWS(2KB)
----man()
--------counts.Rd(2KB)
--------getter_setter_functions.Rd(1KB)
--------computeGeneLength.Rd(1KB)
--------controlForConfounders.Rd(1KB)
--------sizeFactors.Rd(1KB)
--------filterExpression.Rd(2KB)
--------aberrant.Rd(1KB)
--------sampleExclusionMask.Rd(1KB)
--------computePvalues.Rd(1KB)
--------plotFunctions.Rd(11KB)
--------findEncodingDim.Rd(2KB)
--------estimateBestQ.Rd(431B)
--------fit.Rd(863B)
--------OUTRIDER.Rd(2KB)
--------normalizationFactors.Rd(2KB)
--------makeExampleOutriderDataSet.Rd(2KB)
--------fpkm.Rd(558B)
--------computeLatentSpace.Rd(662B)
--------OutriderDataSet-class.Rd(1KB)
--------results.Rd(1KB)
--------computeZscores.Rd(1KB)
----appveyor.yml(2KB)
----tests()
--------testthat()
--------testthat.R(85B)
----.gitignore(535B)
----setupEnv.R(3KB)
----.gitlab-ci.yml(1KB)