deep-protein-generation

时间:2024-05-22 13:45:17
【文件属性】:

文件名称:deep-protein-generation

文件大小:44.96MB

文件格式:ZIP

更新时间:2024-05-22 13:45:17

Python

使用变体自动编码器生成新型蛋白质变体 该代码提供了变体自动编码器模型的实现,该模型设计用于处理比对和未比对的蛋白质序列数据,如使用变体自动编码器生成新型蛋白质变体的手稿中所述。 依存关系 该代码需要Python3。使用tensorflow后端(tensorflow 1.0.0)在keras(2.1.2)中实现了变体自动编码器模型。 完整的python依赖关系列在requirements.txt中。 单个模型在具有cuda 8.0.0,cudnn v5和Python 3.6.0的单个Tesla K80 GPU上进行了训练。 安装 要在本地运行代码,请首先克隆存储库,然后安装所有依赖项(pip install -r requirements.txt) 训练模式 要训​​练模型,请运行相应的脚本(训练日志将写入输出/日志,权重在训练结束时保存到输出/权重。) python scripts/t


【文件预览】:
deep-protein-generation-master
----utils()
--------decoding.py(2KB)
--------__init__.py(555B)
--------metrics.py(364B)
--------layers.py(5KB)
--------data_loaders.py(2KB)
--------io.py(2KB)
----models()
--------encoders.py(3KB)
--------vaes.py(2KB)
--------protcnn.py(5KB)
--------decoders.py(4KB)
--------__init__.py(0B)
----scripts()
--------train_raw.py(1KB)
--------train_msa.py(2KB)
--------generate_from_prior.py(1KB)
--------generate_variants.py(2KB)
----requirements.txt(484B)
----LICENSE(1KB)
----README.md(1KB)
----data()
--------training_data()
--------weights()
----.gitignore(49B)

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