【文件属性】:
文件名称:PERJ:配对末端读加入
文件大小:1.44MB
文件格式:ZIP
更新时间:2021-03-25 11:59:27
Perl
PERJ
配对末端读段连接(PERJ),用于将配对末端读段连接到一个片段中
工具功能:从两个文件中加入两个照明配对端读数,具有5个末端修整选项,以fasta(1)或fastq(2)输出,在左右读数之间填充Ns,修整低质量的读数
#input数据是两个fastq文件和选项的名称
如何使用这个工具
PERJ可以在命令行或图形界面中运行。 都在工作。
命令终端的用法:
perl PERJ.pl [选项]
选项:-l文件:向左读取fastq格式的文件
-r文件:右以fastq格式读取文件
-format整数:1用于fasta中的输出序列或2用于fastq中的输出序列
-trimleft整数:清除左读取的核苷酸的多少bp,默认值:0
-trimright整数:清除要正确读取的核苷酸的多少bp,默认值:0
-n整数:在左右读取之间的间隔中插入多少个核苷酸的核苷酸,默认值:0,对于标准Illum
【文件预览】:
PERJ-main
----testOUT_format2.txt(5KB)
----testOUT_format1.txt(3KB)
----LICENSE(34KB)
----PERJ_graphic.png(47KB)
----TTGGATGG_2_48.fq(3KB)
----TTGGATGG_1_48.fq(3KB)
----README.md(2KB)
----PERJ.jar(26KB)
----PERJ_manual_en_V11.pdf(1.53MB)
----PERJ.pl(7KB)