repeatR:读取并分析RepeatMasker输出

时间:2024-04-20 02:39:54
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文件名称:repeatR:读取并分析RepeatMasker输出

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更新时间:2024-04-20 02:39:54

R

重复R 读取并分析R中的RepeatMasker输出。 在开发中很早! 安装 library( devtools ) install_github( " dwinter/repeatR " ) 基本用法 该软件包带有一个小的示例数据集,包括来自一个脚手架的重复序列。 我们可以使用read_rm在内存中读取该文件 library( repeatR ) # > Loading required package: dplyr # > # > Attaching package: 'dplyr' # > The following objects are masked from 'package:stats': # > # > filter, lag # > The following objects are masked from 'package:base': # > # >


【文件预览】:
repeatR-master
----.gitignore(38B)
----NAMESPACE(442B)
----R()
--------summarise.r(2KB)
--------IO.r(7KB)
--------filter.r(279B)
--------ideogram.r(2KB)
--------aggregate.r(268B)
----.Rbuildignore(59B)
----LICENSE(49B)
----man()
--------summarise_rm_class.Rd(294B)
--------read_rm.Rd(1KB)
--------hello.Rd(128B)
--------rm_to_bed.Rd(617B)
--------tidy_rm.Rd(233B)
--------rm_ideogram.Rd(371B)
--------rm_to_bed12.Rd(577B)
--------summarise_rm_family.Rd(293B)
--------figures()
--------write_bed.Rd(411B)
--------summarise_rm_ID.Rd(297B)
--------Gb_lab.Rd(581B)
----repeateR.Rproj(396B)
----README.md(4KB)
----tests()
--------testthat.R(58B)
----inst()
--------extdata()
----README.Rmd(2KB)
----DESCRIPTION(513B)

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