【文件属性】:
文件名称:MetaBGC:利用人类微生物组化学库的宏基因组学策略
文件大小:34.46MB
文件格式:ZIP
更新时间:2021-04-03 16:50:47
Python
MetaBGC:生物合成基因簇的元基因组标识符
MetaBGC是一种基于读取的算法,可直接在宏基因组测序数据中检测生物合成基因簇(BGC)。
出版物
有关详细说明和有关引用MetaBGC的信息,请参见。
入门
这些说明将使您设置为在本地Linux或Apple环境中运行MetaBGC。
重要笔记
用户可以使用提供的玩具数据集测试管道。
考虑到宏基因组数据集中很少有环化酶,因此无法对提供的测试环化酶模型运行自己的读取库。
对于非环化酶spHMM,您可以从头开始使用构建模块创建自己的模块。 此外,我们目前正在为其他几种生物合成类开发高性能spHMM,并将在几个月后(作为预建模型)在后续发行/发布中发行它们。
Bioconda分布
即将推出...
手动安装
先决条件
要运行MetaBGC,请确保已在PATH中安装了以下依赖项。
(版本> = 3.6)
版本3.1b2
4.7版