DeepBindToKeras:将DeepBind模型转换为Keras

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文件名称：DeepBindToKeras:将DeepBind模型转换为Keras
文件大小：10.75MB
文件格式：ZIP
更新时间：2021-05-01 09:38:22
C DeepBindToKeras Av在这里。 我编写了将DeepBind模型转换为Keras的代码。 这有点痛苦，但是我对结果感到满意。 一些不错的功能：与原始的DeepBind预测代码一样，如果该模型适用于DNA序列，那么我将自动取正向和反向互补序列的最大值。 我还处理了具有隐藏的完全连接层和平均池的模型的情况（某些RNA模型存在平均池）。 注意事项： Keras要求批次中的所有输入都具有相同的长度（批次之间的输入长度可以不同，但​​是在批次内，长度必须相同）。 因此，我的转换代码要求您指定输入长度。 当输入大小为<= int（conv_filter_length * 1.5）时，输出在数值精度上与DeepBind输出完全相同（我使用DeepBind附带的4个示例序列和4个模型进行了比较） 当输入大小> int（conv_filter_length * 1.5）时，输出是相