dsb:标准化CITEseq数据

【文件属性】：
文件名称：dsb:标准化CITEseq数据
文件大小：2.21MB
文件格式：ZIP
更新时间：2021-05-21 02:19:24
cite-seq niaid-tsang-lab R dsb：R包，用于归一化和去噪CITE-seq蛋白数据 dsb在CRAN上可用。 使用以下命令在R中安装dsb： library(dsb) 。 除了以下自述文件中的快速教程之外，请参见小插图以获取完整教程： 方法的详细信息，；如果您在研究中使用dsb或发现本文的基本噪声建模结果有所帮助，请引用该论文。 使用预加载的软件包数据进行安装和快速概述 使用DSBNormalizeProtein()函数来1）通过蛋白质（行）矩阵cells_citeseq_mtx归一化细胞（列）的原始蛋白质计数，并使用empty_drop_citeseq_mtx （背景/空液滴矩阵） cells_citeseq_mtx估计噪声的环境成分。 2）通过设置denoise.counts = TRUE建模并删除每个细胞蛋白质库的“技术成分”，并使用use.isotype.control = TRUE在技​​术成分的计算中

【文件预览】：
dsb-master
----.gitignore(97B)
----NAMESPACE(252B)
----NEWS.md(903B)
----vignettes()
--------.gitignore(11B)
--------dsb_normalizing_CITEseq_data.Rmd(29KB)
----R()
--------dsb.r(4KB)
--------utils-pipe.R(265B)
--------cells_citeseq_mtx.r(647B)
--------empty_drop_citeseq_mtx.R(900B)
--------zzz.r(461B)
----data()
--------raw_pbmc_mtx_example_87ab_citeseq_Tsang.rda(210KB)
--------raw_emptydrop_mtx_example_87ab_citeseq_Tsang.rda(420KB)
----.Rbuildignore(127B)
----LICENSE(3KB)
----.DS_Store(18KB)
----dsb.Rproj(433B)
----_pkgdown.yml(53B)
----man()
--------pipe.Rd(318B)
--------.DS_Store(8KB)
--------cells_citeseq_mtx.Rd(818B)
--------DSBNormalizeProtein.Rd(2KB)
--------figures()
--------empty_drop_citeseq_mtx.Rd(1KB)
----README.md(16KB)
----tests()
--------.DS_Store(8KB)
--------testthat.R(50B)
--------testthat()
----README.Rmd(17KB)
----cran-comments.md(2KB)
----DESCRIPTION(2KB)
----pkgdown()
--------.DS_Store(8KB)
--------favicon()
----CRAN-RELEASE(129B)