MCPerm: Monte Carlo SNP permutation:SNP多重检验相关性的蒙特卡罗置换方法-开源

【文件属性】：
文件名称：MCPerm: Monte Carlo SNP permutation:SNP多重检验相关性的蒙特卡罗置换方法-开源
文件大小：9KB
文件格式：GZ
更新时间：2021-04-30 19:42:40
开源软件 MCPerm：案例控制关联研究中用于多重测试相关性的蒙特卡罗排列方法传统置换（TradPerm）测试是一种重要的非参数分析方法，可以作为案例对照关联研究中进行多重测试校正的金标准。 但是，它依赖于原始的单核苷酸多态性（SNP）基因型和表型数据来执行大量随机混洗，因此计算量大，尤其是对于全基因组关联研究（GWAS）。 为了在不更改TradPerm p值大小的情况下提高计算速度，我们开发了蒙特卡洛置换（MCPerm）方法，作为TradPerm的有效替代方法。 方法：MCPerm不需要重新整理原始基因型和表型数据。 它使用蒙特卡洛方法，采用两步超几何分布在病例和对照中产生随机数的基因型（AA，Aa和aa）。

【文件预览】：
MCPerm
----NAMESPACE(32B)
----DESCRIPTION(469B)
----R()
--------tradPerm.R(4KB)
--------Armitage.R(751B)
--------OR.R(590B)
--------permuteMatrix.R(750B)
--------genotypeStat.R(4KB)
--------MCPerm.R(4KB)
--------permuteData.R(966B)
----data()
--------exampleData.rda(635B)
----man()
--------permuteMatrix.Rd(1KB)
--------MCPerm.Rd(5KB)
--------OR.Rd(1KB)
--------exampleData.Rd(917B)
--------MCPerm-package.Rd(3KB)
--------permuteData.Rd(866B)
--------genotypeStat.Rd(4KB)
--------Armitage.Rd(2KB)
--------tradPerm.Rd(5KB)