文件名称：DFT的matlab源代码-REPdenovo:直接从原始读取中构建重复序列的工具
文件大小：3.88MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-06-14 22:19:53
系统开源
DFT的matlab源代码普普列诺沃 @ 2015，朱冲和吴玉峰。 该软件按“原样”提供，不提供任何形式的保证。 在任何情况下，作者均不对由于使用此软件而造成的任何损失负责。 程序包，包括源代码，可执行文件和本文档，是免费分发的。 如果您在出版物中使用此程序，请引用以下参考资料： Chong Chu，Rasmus Nielsen和Wu Yufeng Wu，REPdenovo：从短序列阅读中推断从头重复序列，PLoS One 11.3（2016）：e0150719。 REPdenovo的功能和使用 REPdenovo设计用于直接从序列读取构建重复序列。 它基于频繁k-mer组装的想法。 REPdenovo提供了许多功能，并且可以产生比现有工具更长的重复。 整个管道显示在手动文件中。 REPdenovo支持以下主要功能。 集会。 该步骤执行k聚体计数。 然后我们发现频率超过一定阈值的频繁k-mers。 然后，我们将这些频繁的k-mers组装成共有重复序列（以重叠群形式）。 然后，我们将构建的重叠群合并为更完整的重叠群。 脚手架。 我们使用配对末端读段将重复序列重叠群连接到支架上，还提供每个