【文件属性】:
文件名称:基因注释
文件大小:7KB
文件格式:ZIP
更新时间:2021-02-25 08:17:42
Python
安装
该存储库仅包含独立脚本。 在运行之前,请确保安装要求:
pip install -r requirements.txt
示例1:从UCSC GTF文件
从下载UCSC gtfToGenePred二进制文件
获取程序集的GTF和chromsizes文件( -NP .参数确保如果文件已经存在,则不下载文件)
wget -NP . https://hgdownload.soe.ucsc.edu/goldenPath/danRer10/bigZips/genes/danRer10.refGene.gtf.gz
wget -NP . https://hgdownload.soe.ucsc.edu/goldenPath/danRer10/bigZips/danRer10.chrom.sizes
转换为Higlass兼容格式:
cat danRer10.refGene.genepred |
【文件预览】:
gene_annotations-master
----scripts()
--------gjsonl_to_hgbed.py(5KB)
--------exonU.py(4KB)
--------gff_to_jsonl.py(2KB)
--------gjsonl_to_chromsizes.py(1KB)
--------genepredext_to_hgbed.py(2KB)
----README.md(2KB)