【文件属性】:
文件名称:superFreq:癌症外显子组分析流程
文件大小:22.11MB
文件格式:ZIP
更新时间:2021-05-03 12:19:05
R
预印本: :
Plos计算生物学: ://journals.plos.org/ploscompbiol/article?id 10.1371/journal.pcbi.1007603
超频率
SuperFreq是一个R软件包,用于分析癌症外显子组。
它有什么作用?
SuperFreq分析和过滤体细胞SNV和短indel,调用拷贝号并跟踪同一个人的多个样本上的克隆。 它识别每个克隆中的拷贝数变化和点突变,并通过变异注释和COSMIC突出显示可能引起突变的基因。
我该如何运行?
开始R
# first install superFreq if running first time
# load devtools that allows installation from github (may need to install devtools first with instal