K-MWPBS:K-MWPBS(Top-K最大重量路径约束二分图)

时间:2021-02-15 11:27:25
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文件名称:K-MWPBS:K-MWPBS(Top-K最大重量路径约束二分图)
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文件格式:ZIP
更新时间:2021-02-15 11:27:25
GAP K-MWPBS(Top-K最大重量路径约束二分子图) 先决条件 请安装: python> = 3.6版本Gurobi版本9 networkx版本2.4 命令: python KMWPBS.py uniq_gene_list discover_me_gene_pairs kegg_pathway.gmt kmwpbs_plot_res> kmwpbs_results 输入参数: uniq_gene_list:文件包含在discover_me_gene_pairs中找到的唯一基因列表discover_me_gene_pairs:以第三列作为p值发现互斥基因对(截止值<0.05) kegg_pathway.gmt:凯格路径kmwpbs_plot_res:输出KMWPBS地块名称kmwpbs_results:kmwpbs打印出结果,二部图KMWPBS结果 输出: .png图(具有kmwpbs_
【文件预览】:
K-MWPBS-master
----dataset()
--------drugpathway()
--------uniq_gene_list(473B)
--------wholegenomegenes_32018.txt(467KB)
--------ModuleEnrichment()
--------discover_me_gene_pairs(8KB)
--------kegg_pathway.gmt(86KB)
----README.md(1KB)
----source()
--------KMWPBS.py(9KB)
--------simulate01.py(5KB)
--------simulate03.py(9KB)
--------simulate02.py(8KB)

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