llama:本地血统和单系评估

【文件属性】：
文件名称：llama:本地血统和单系评估
文件大小：537KB
文件格式：ZIP
更新时间：2021-05-29 20:23:16
Python 骆驼 大号OCAL大号ineage和M onophyly甲ssessment 快速链接 要求 llama在 MacOS 和 Linux 上运行。 conda环境配方可能无法在Windows上构建，并且不受支持，但是可以使用Windows子系统（用于Linux）运行。 某些版本的 conda，我们使用 Miniconda3。 可以从下载 您的输入查询文件，每个序列名称都有一行，您要为其分析/创建本地树。 这些可以已经存在于大树中，也可以存在于您提供的 fasta 文件中 如果有要添加到树中的序列，则可选 fasta 文件 包含以下文件的数据目录： global.tree ：您想要放置序列的大树 alignment.fasta : 带有用于制作树的 fasta 序列的对齐文件 metadata.csv : 关联的元数据与树/比对中的序列名称和谱系名称相关联 树的尖端名称、比对中的序列 id

【文件预览】：
llama-master
----docs()
--------llama_logo.svg(22KB)
----environment.yml(454B)
----llama()
--------data()
--------__init__.py(38B)
--------command.py(10KB)
--------scripts()
----test()
--------test.2_tree.fasta(88KB)
--------test.2_tree.csv(369B)
----LICENSE(34KB)
----setup.py(2KB)
----README.md(12KB)
----example_report()
--------figures()
--------llama_report.md(2KB)