phateR:R中实现PHATE降维的方法

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文件名称：phateR:R中实现PHATE降维的方法
文件大小：3.58MB
文件格式：ZIP
更新时间：2021-05-22 11:00:57
HTML 磷酸盐 该R包提供了。 有关PHATE可视化方法的完整概述，请参见《。 有关我们的Python和Matlab实现，请参见 。 目录 快速开始 教程 问题 常问问题 帮助 安装 为了在R中使用PHATE，您还必须安装Python软件包。 如果未安装python或pip ，则需要安装它们。 我们建议Miniconda3一起安装Python和pip ，否则，您可以从https://pip.pypa.io/en/stable/installing/安装pip 。 从CRAN和PyPi安装 首先通过在终端上运行以下代码在Python中安装phate ： pip install --user phate 然后通过在R中运行以下代码从CRAN安装phateR ： install.packages( " phateR " ) 使用devtools安装并进行reticulate安装 可以

【文件预览】：
phateR-master
----.github()
--------ISSUE_TEMPLATE()
--------workflows()
----NAMESPACE(456B)
----travis_setup.sh(540B)
----DESCRIPTION(1KB)
----inst()
--------examples()
--------CITATION(643B)
--------extdata()
----R()
--------tree.data.R(591B)
--------cluster.R(1KB)
--------preprocessing.R(940B)
--------utils.R(4KB)
--------phate.R(15KB)
----.Rbuildignore(767B)
----LICENSE(15KB)
----README.md(7KB)
----data()
--------tree.data.rda(2.22MB)
--------tree.data.small.rda(95KB)
----man()
--------figures()
--------check_pyphate_version.Rd(327B)
--------summary.Rd(652B)
--------tree.data.small.Rd(498B)
--------plot.Rd(590B)
--------ggplot.Rd(716B)
--------cluster_phate.Rd(936B)
--------as.matrix.Rd(424B)
--------phate.Rd(5KB)
--------library.size.normalize.Rd(1KB)
--------tree.data.Rd(470B)
--------print.Rd(876B)
--------install.phate.Rd(1KB)
--------as.data.frame.Rd(406B)
----.gitignore(46B)
----README.Rmd(7KB)