【文件属性】：
文件名称：RATTLE:纳米Kong长序列测序的转录组的无参考重建和错误校正
文件大小：46KB
文件格式：ZIP
更新时间：2021-05-04 13:08:02
bioinformatics rna-seq nanopore genomics clustering
响尾蛇
长时间测序的转录组的无参考重建和定量
要求
具有C ++ 14支持的GCC
安装
克隆存储库
git clone --recurse-submodules https://github.com/comprna/RATTLE
建立响尾蛇
cd RATTLE
./build.sh
正在运行“ RATTLE”
警告所有命令和参数仍处于试验阶段，并可能在将来的版本中进行更改
样例命令
每个命令的详细信息都可以在下面找到，但是这些是运行RATTLE时最常用的一些命令。
簇cDNA纳米Kong具有24条线在基因水平上读取
$ ./rattle cluster -i reads.fq -t 24 -o . --fastq
簇cDNA纳米Kong具有24条线在同工型水平上读取
$ ./rattle cluster -i reads.fq -t 24 --fastq --iso
簇RNA纳米Ko
【文件预览】：
RATTLE-master
----main.cpp(17KB)
----.gitignore(93B)
----README.md(6KB)
----build.sh(116B)
----fasta.hpp(439B)
----.gitmodules(137B)
----argagg.hpp(47KB)
----cluster.cpp(9KB)
----correct.cpp(20KB)
----LICENSE(34KB)
----misc()
--------ss_check.py(14KB)
----utils.hpp(598B)
----fasta.cpp(2KB)
----spoa()
----kmer.cpp(4KB)
----cluster.hpp(946B)
----hps()
----Makefile(897B)
----similarity.hpp(385B)
----similarity.cpp(3KB)
----utils.cpp(2KB)
----correct.hpp(1KB)
----kmer.hpp(1KB)