【文件属性】：
文件名称：extTADA:研究从头突变和病例对照变体
文件大小：13.09MB
文件格式：ZIP
更新时间：2021-04-30 16:52:30
R
extTADA将从头突变和案例/对照（传播/未传播）变体组合为：
推断这些组合数据集的遗传参数。
根据遗传参数确定重要基因的数量。
使用已知的遗传参数（主要来自测试数据集）基于阈值预测重要基因的数量。
extTADA也可以使用：
仅适用于从头数据或仅案例/控制（传输/未传输）数据。
用于多人口数据。
要求
这些软件包必须安装：
rstan ： : //cran.r-project.org/web/packages/rstan/index.html
locfit
基因清单
如果要下载精神分裂症（SCZ），智力障碍（ID），发育障碍（DD），癫痫或自闭症谱系障碍（ASD）的*基因，则可以在目录数据内使用extTADA分析的结果。 例如，排名靠前的DD基因：
cat data / DDextTADA.txt | awk'$ NF <0.1'*
或直接从extTADA论文下
【文件预览】：
extTADA-master
----QandAfor_extTADA.md(879B)
----script()
--------extTADA.R(16KB)
--------plotParHeatmap.R(1KB)
--------extTADAfunction.R(5KB)
--------estimatePars.R(1KB)
--------calculateFDR.R(3KB)
--------TADA.R(32KB)
--------extTADAmcmc.R(8KB)
--------.gitignore(5B)
----examples()
--------extTADA_MultipleSteps.ipynb(39.61MB)
--------extTADA_OneStep.ipynb(11KB)
--------example_extTADA.R(0B)
--------extTADA_MultipleSteps.pdf(2.63MB)
--------extTADAforDD.pdf(3.74MB)
--------extTADAforDD.ipynb(35.85MB)
--------SimulationDataDNandCC.txt(968KB)
----README.md(2KB)
----data()
--------ASDextTADA.txt(944KB)
--------data_mut_DD.csv(1.26MB)
--------.Rhistory(145B)
--------IDextTADA.txt(940KB)
--------testEXTDATA.R(591B)
--------SCZextTADA.txt(939KB)
--------EPIextTADA.txt(942KB)
--------SimulationDataDNandCC.txt(968KB)
--------DDextTADA.txt(933KB)
----.gitignore(8B)
----_config.yml(26B)