PSI-Sigma：PSI-Sigma

【文件属性】：
文件名称：PSI-Sigma：PSI-Sigma
文件大小：423KB
文件格式：ZIP
更新时间：2021-02-16 21:50:31
Perl PSI-西格玛 剪接百分比（PSI）值通常用于报告替代性的mRNA剪接（AS）变化。 但是，以前的PSI检测方法仅限于特定类型的AS事件。 PSI-Σ是使用新的剪接指数（PSIΣ）是更加灵活，可以incoporate新颖结，并且可以计算在复杂的剪接事件个体外显子的PSI值。 PSI-Sigma现在已发布： : 更新 最新版本： ： 尝试“-帮助”功能。 在自然界中使用PSI-Sigma的新论文： ： 人类U87细胞纳米Kong长时间读取PCR-cDNA-seq的比对文件： : （已过期） 作者/支持 林宽庭（Woody）， 对齐文件 对于短读RNA-seq数据，请通过使用STAR（ ）生成.bam，.bai和.SJ.out文件。 ###This is an example for short-read RNA-seq### STAR --runThreadN 6

【文件预览】：
PSI-Sigma-master
----PSIsigma-PSI-v.1.1.pl(34KB)
----dummyai.pl(17KB)
----PSIsigma-FDR-v.1.0.pl(4KB)
----PSIsigma-longread-gene-expression.pl(22KB)
----PSIsigma-db-v.1.0.pl(35KB)
----PSIsigma-filter-v.1.0.pl(8KB)
----Event_Region_Explained.png(81KB)
----LICENSE(303B)
----_config.yml(28B)
----Parallele.md(4KB)
----PSIsigma-ir-v.1.2.pl(9KB)
----README.md(8KB)
----testsample()
--------testsample_WT.sorted.bam(92KB)
--------groupa.txt(26B)
--------testsample_mutant.sorted.bam(184KB)
--------testsample_WT.sorted.bam.bai(11KB)
--------groupb.txt(30B)
--------testsample.db(2KB)
--------testsample_mutant.sorted.bam.bai(11KB)
----pvalue_dist.tiff(902KB)
----dummyai-db-alone.pl(2KB)
----sjFromSAMcollapseUandM_inclOverlaps.awk(1KB)
----qvalue_dist.tiff(902KB)