CRISPR_Asgard

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文件名称：CRISPR_Asgard
文件大小：111.87MB
文件格式：ZIP
更新时间：2021-04-09 05:53:24
JupyterNotebook CRISPR_Asgard 该存储库分为4个目录：arCOG，PSI-BLAST，neighborhood_analysis，结果分析。 每个目录都包含一个.ipynb脚本，该脚本为项目的每个阶段执行代码。 arCOG：CRISPR_arCOGs.ipynb脚本消除了未注释为CRISPR相关的arCOG，仅保留了CRISPR相关的arCOG。 CRISPR arCOG配置文件位于ali-ar14 /目录下。 PSI-BLAST：PSI-BLAST.ipynb脚本基于作为查询的arCOG和作为数据库的asgard_proteomes.fasta执行PSI-BLAST搜索。 neighborhood_analysis：hit_neighborhoods.ipynb脚本检索与每个匹配相邻的区域。 结果分析：Result_analysis.ipynb分析结果并生成图和图。