文件名称：sparta:根据其祖先基因型划分 RNA-Seq 读数
文件大小：12.28MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-07-07 12:44:51
Python
斯巴达 从缠结比对 (SPARTA) 中分离读取的亲本等位基因 根据其祖先基因型从汇集运行中划分 RNA-Seq 读数。 设计用作 Bowtie2 的后处理步骤，在将汇集的读数与两个祖先基因组对齐后。 请参阅此处的文档： : 要运行单元测试，只需运行 test_sparta.py 从命令行使用 sparta.py： usage: sparta.py [-h] [-pe [PAIRED_END]] [-n NAMES [NAMES ...]] [-o [OUTPUT_DIR]] [-ss SEPARATED_SAMFILES [SEPARATED_SAMFILES ...]] [-pr [PROCESSES]] [-c [CALCULATE_MISMATCHES]]
【文件预览】：
sparta-master
----.gitignore(585B)
----calculate_mismatch_probs.py(12KB)
----sparta.py(35KB)
----unit_test()
--------data()
----sample_analysis_skelly_data.sh(2KB)
----LICENSE.txt(34KB)
----README.md(5KB)
----test_sparta.py(16KB)
----util.py(3KB)
----genomes()
--------BY.gff(6.28MB)
--------RM.gff(6.54MB)
--------RM.fa(11.93MB)
--------BY.fsa(11.79MB)