【文件属性】:
文件名称:aws_batch_genomics_step_function
文件大小:42KB
文件格式:ZIP
更新时间:2021-02-19 08:33:02
Python
AWS上的基因组学研究
该项目演示了如何使用和在上运行大规模的基因组学二级分析管道。 您可以在我们的博客文章“ 了解有关如何将新的AWS Step Functions集成与AWS Batch一起使用的更多信息。
前提条件
部署管理员权限
部署
将构建和部署在AWS上运行二级分析管道所需的一切。 这包括:
使用您所在地区的ECS AMI,具有1TB暂存卷的自定义AMI (10分钟)
Isaac,Strelka,Samtools-Stats和SnpEff作为ECR中的Docker映像(40分钟)
AWS Batch队列,计算环境,作业定义和AWS Step Functions状态机(10分钟)
需要角色和存储桶。
$ setup.sh
用法
运行工作流程
部署完成后,将输出的工作流输入复制到终端窗口。 使用该输入在StepFunctions控制台中运行管道。 您还可以在batch-g
【文件预览】:
aws_batch_genomics_step_function-master
----.gitignore(165B)
----teardown.sh(1KB)
----LICENSE(11KB)
----tools()
--------common_utils()
--------__init__.py(0B)
--------template_cfn.yml(30KB)
--------strelka()
--------snpeff()
--------isaac()
--------samtools_stats()
----README.md(2KB)
----template_cfn.yml(1024B)
----update.sh(1KB)
----setup.sh(5KB)
----pipeline()
--------nested_templates()
--------template_cfn.yml(5KB)