【文件属性】：
文件名称：analysis_pipeline:TOPMed分析管道
文件大小：31.15MB
文件格式：ZIP
更新时间：2021-05-06 11:19:46
R
TOPMed分析管道
设置
我们建议使用构建R，以提高PC相关和关联测试的性能。
运行install_packages.R脚本以安装所需的R软件包。
附加软件
基本轮廓
R目录中的每个脚本都使用带有参数的配置文件。 在每个脚本的开头查看参数列表。 一些参数是必需的。 其他是默认值的可选。
某些脚本可以按染色体并行运行。 对于这些脚本，染色体号作为参数给出： "--chromosome 22" （或"-c 22" ）。 如果并行运行，请在配置文件的文件名中包含一个空格，应在其中插入染色体，例如，
gds_file "1KG_phase3_subset_chr .gds"
几乎所有脚本都需要SeqArray格式的GDS文件。 表型文件应该是保存在RData文件中的AnnotatedDataFrame。 有关详细信息，请参见?AnnotatedDataFrame或SeqVarTools文