bio_embeddings:从蛋白质序列中获取蛋白质嵌入

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文件名称：bio_embeddings:从蛋白质序列中获取蛋白质嵌入
文件大小：16.35MB
文件格式：ZIP
更新时间：2021-04-27 14:52:50
machine-learning pipeline protein-structure protein-sequences language-model 生物嵌入 了解bio_embeddings的资源： 通过嵌入，从序列快速预测蛋白质的结构和功能： 。 阅读当前文档： 。 与我们聊天： 。 我们在ISMB 2020和LMRL 2020上作为演讲介绍了bio_embeddings管道。您可以，。 查看管道配置a和的 。 项目目标： 通过提供单一，一致的界面和接近零的摩擦，促进将基于语言模型的生物序列表示法用于转移学习 可重现的工作流程 表示深度（来自不同实验室的不同模型，针对不同的目的在不同的数据集上进行了训练） 大量的示例为用户处理复杂性（例如CUDA OOM抽象），并提供有据可查的警告和错误消息。 该项目包括： 基于在生物学序列表示（SeqVec，ProtTrans，UniRep等）上训练的开放模型的通用python嵌入器 一条管道： 将序列嵌入矩阵表示（每个氨基酸）或矢量表示（每个序列）中，可用于训练学习模