【文件属性】：
文件名称：fgsea:快速基因集富集分析
文件大小：1MB
文件格式：ZIP
更新时间：2021-04-01 18:28:46
R
fgsea
fgsea是用于快速预排名基因集富集分析（GSEA）的R包。 该软件包可以快速准确地为一组基因集计算任意低的GSEA P值。 P值估算基于自适应多级拆分蒙特卡洛方案。 有关算法的详细信息，请参见。
完整的插图可以在以下位置找到： :
安装
fgsea是R / Bioconductor的一部分，可在Linux，macOS和Windows平台上使用。 有关安装说明和更多详细信息，请参阅
可以使用devtools软件包从GitHub安装最新版本的fgsea ，这可能需要花费几分钟的时间来安装所有依赖项：
library(devtools)
install_github("ctlab/fgsea")
快速运行
加载库
library(data.table)
library(fgsea)
library(ggplot2)
加载示例途径和基因水平统计数据：
data(exam
【文件预览】：
fgsea-master
----.travis.yml(1KB)
----man()
--------mapIdsList.Rd(1KB)
--------plotEnrichment.Rd(697B)
--------multilevelImpl.Rd(1KB)
--------fgsea.Rd(957B)
--------exampleRanks.Rd(448B)
--------gmtPathways.Rd(473B)
--------fgseaSimpleImpl.Rd(2KB)
--------fora.Rd(1KB)
--------plotGseaTable.Rd(1KB)
--------reactomePathways.Rd(501B)
--------calcGseaStatBatchCpp.Rd(752B)
--------calcGseaStat.Rd(2KB)
--------fgseaSimple.Rd(3KB)
--------writeGmtPathways.Rd(556B)
--------collapsePathways.Rd(2KB)
--------fgseaMultilevel.Rd(3KB)
--------multilevelError.Rd(594B)
--------collapsePathwaysORA.Rd(2KB)
--------examplePathways.Rd(415B)
--------fgseaLabel.Rd(3KB)
----data()
--------examplePathways.rda(89KB)
--------exampleRanks.rda(121KB)
----data-raw()
--------exampleRanks.R(248B)
--------examplePathways.R(243B)
----NAMESPACE(590B)
----LICENCE(1KB)
----tests()
--------testthat()
--------testthat.R(220B)
----inst()
--------CITATION(595B)
--------gse19429_gsea.R(607B)
--------gene_reactome_pathways.R(981B)
--------run_broad_gsea.R(993B)
--------gen_gene_ranks.R(961B)
--------exact()
--------extdata()
--------th1_gsea.R(6KB)
----appveyor.yml(1KB)
----src()
--------fgseaMultilevel.cpp(2KB)
--------util.h(477B)
--------esCalculation.cpp(2KB)
--------util.cpp(1KB)
--------fgseaMultilevelSupplement.h(1KB)
--------fgseaMultilevelSupplement.cpp(11KB)
--------fgseaMultilevel.h(296B)
--------esCalculation.h(590B)
--------fastGSEA.cpp(12KB)
--------RcppExports.cpp(5KB)
--------fastGSEA.h(2KB)
----vignettes()
--------fgsea-tutorial.Rmd(5KB)
----.Rbuildignore(100B)
----test.R(67B)
----.gitignore(63B)
----R()
--------fgsea.R(29KB)
--------plot.R(6KB)
--------pathways.R(4KB)
--------RcppExports.R(1KB)
--------fgseaORA.R(6KB)
--------fgsea-package.R(673B)
--------fgseaMultilevel.R(12KB)
----NEWS(2KB)
----DESCRIPTION(1KB)
----README.md(4KB)
----.gitattributes(52B)
----fgsea.Rproj(385B)