seqdiva:SeqDivA：序列多样性分析-开源

【文件属性】：

文件名称：seqdiva:SeqDivA：序列多样性分析-开源

文件大小：736KB

文件格式：ZIP

更新时间：2024-06-21 01:07:12

开源软件

序列多样性分析 - SeqDivA 1.0 版是一个基于 Python 的工具，具有为 Linux 和 Mac OS 设计的友好 GUI。 效用：运行比对算法（水、针和爆炸）来比较所有蛋白质、DNA 和 RNA 序列。 SeqDivA 提供相似性、恒等性和位得分矩阵和点图来探索/说明序列的多样性（同源度），从而能够划定暮光区。 安装： - 下载 SeqDivA - 解压“.zip 或 tar.gz”文件 - 通过执行 python SeqDivA.py 加载图形界面。 推荐使用 Python 3.7。 作者： - Evys Ancede-Gallardo ([e-mail])，分子学博士，Facultad de Ciencias。 Exactas，智利安德烈斯贝洛大学。 - Guillermin Agüero-Chapin ([e-mail]), CIIMAR-Centro Interdisciplinar de Investigação Marinha e Ambiental，波尔图大学。 葡萄牙

【文件预览】：
SeqDivA-master
----.gitignore(133B)
----README.md(2KB)
----SeqDivA.py(7KB)
----examples()
--------A_domain_training_109.fasta(69KB)
--------Dataset1_GB.fasta(74KB)
--------seqs_10.fasta(4KB)
--------Sequences_ALfree.fasta(1.11MB)
----LICENSE(34KB)
----requirements.txt(2KB)
----ui()
--------dotPlot.py(1KB)
--------MatrixUI.ui(2KB)
--------SeqDivAGUI.py(8KB)
--------dotPlot.ui(1KB)
--------SeqDivAGUI.ui(7KB)
--------MatrixGUI.py(2KB)
--------MatrixUI.py(3KB)
--------__init__.py(0B)
--------dotPlotGUI.py(2KB)
----.idea()
--------.gitignore(38B)
--------libraries()
--------other.xml(186B)
--------vcs.xml(180B)
--------misc.xml(195B)
--------modules.xml(266B)
--------SeqDivA.iml(472B)
----calculate()
--------FileManager.py(3KB)
--------__init__.py(0B)
--------blast.py(2KB)