【文件属性】：
文件名称：Microbiome_Phylo_Diversity_Workshop
文件大小：42.06MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-05-31 19:04:15
HTML
探索微生物群落的系统发育组成
F.马泽尔和J.桑德斯
欢迎来到工作坊！
何时何地？
该研讨会将于2018年6月20日在温哥华（UBC）温哥华举行
确切地址：121 LSK室； 6356农业路
概括
微生物是地球上最普遍的生命形式，它居住在大多数生态系统中（从动物的肠道到深海），并推动了全球生物地球化学循环的大部分。 然而，我们对微生物组的多样性分布仍然知之甚少。 最近的技术进步，尤其是大量扩增子数据的产生（通常是16S读取）已经开始揭示微生物组的多样性模式。 但是，仍然存在许多问题。 例如，我们应该使用哪种微生物单位来研究微生物组成模式（即β多样性）？ 我们应该使用定义为96％16S相似度的OTU吗？ ASV？ 在本研讨会中，我们建议通过探索微生物群落的系统发育组成来解决此问题，从而避免先验选择微生物单位。 我们将提供使用R进行此类分析的理论背景和实际示例。
在研讨会之前做
请带着您的笔
【文件预览】：
Microbiome_Phylo_Diversity_Workshop-master
----.DS_Store(6KB)
----.gitattributes(66B)
----Slides_Workshop.pdf(24.34MB)
----Only_Rscript.R(36KB)
----Workflow.Rmd(31KB)
----My_outputs_BackUp()
--------Phylogenetic_tree_colouredby_Domains_NewRoot.pdf(2.07MB)
--------pf_depth_var.RDS(705KB)
--------PCoA_Unifrac.pdf(5KB)
--------.DS_Store(6KB)
--------Saanich.final.opti_mcc.unique_list.0.03.rep_Names_Modified.fasta(2.7MB)
--------Phylogenetic_tree_colouredby_Domains.pdf(1.75MB)
--------Saanish_FastTree(131KB)
--------Phylogenetic_tree_colouredby_Phylum_NoConstrains.pdf(1.65MB)
--------pf_depth_F.RDS(702KB)
--------Multiple_Resolution_Beta_BrayCurtis.RDS(2KB)
--------pf_PO4_var.RDS(698KB)
--------Saanish_FastTreeRooted(130KB)
--------Multiple_Resolution_Beta_Jaccard.RDS(2KB)
--------Saanish_FastTree_withoutConstrains(131KB)
--------BDTT_Jaccard_BC.pdf(16KB)
--------pf_NO3_var.RDS(700KB)
--------Phylogenetic_Constrains.fasta(169KB)
--------Phylogenetic_tree_colouredby_Phylum_with_Constrains.pdf(1.75MB)
----.RData(839KB)
----.Rhistory(307B)
----SetUp.Rmd(5KB)
----README.md(2KB)
----data()
--------Saanich_cruise72_metadata.txt(2KB)
--------mothur_pipeline.html(1.1MB)
--------mothur_intermediate_files()
--------Saanich_cruise72_mothur_OTU_table.shared(97KB)
--------Saanich_timeseries_geochemical_data.csv(241KB)
--------Saanich_cruise72_mothur_OTU_taxonomy.taxonomy(502KB)
----R functions()
--------BDTT_functions.R(5KB)
----Workflow.html(2.73MB)
----.gitignore(50B)
----My_outputs()
--------.DS_Store(6KB)