【文件属性】：
文件名称：rnaseq:RNA-seq分析
文件大小：5.37MB
文件格式：ZIP
更新时间：2021-04-28 00:25:40
rna-seq hisat2 rna-seq-pipelines star-rsem gene-quantification
RNA-seq管线
设置
在raw运行中，先执行./fetch_data.sh ，然后执行./create_index.sh 。
在src运行./fetch_binaries.sh （需要的MacOS或Linux）， ./setup_samtools.sh和./setup_rsem.sh （需要各种库编译）。
HISAT2和StringTie2可以从运行hisat_stringtie运行./map.sh然后./quant.sh 。
可以通过运行./run.sh从star_rsem运行STAR和RSEM。
Kallisto酒店可以从运行kallisto运行./quant.sh 。
测试数据
用于比较工作流程的数据来自。 每个FASTQ文件都使用SRA RUN ID命名。
ERR188044
ERR188104
ERR188234
ERR188245
ERR188257
ERR188
【文件预览】：
rnaseq-master
----.gitignore(214B)
----README.md(3KB)
----.gitmodules(108B)
----test()
--------map_star.sh(889B)
--------README.md(6KB)
--------bwa_default.bam(31KB)
--------default.Aligned.out.sam(9KB)
--------map_hisat2.sh(594B)
--------hisat2_k20.bam(480KB)
--------hisat2_default.bam(247KB)
--------bwa_h203.bam(152KB)
--------map_bwa.sh(670B)
--------multimap_20_unmapped.Aligned.out.sam(184KB)
--------hisat2_k20_2.bam(480KB)
--------bwa_h10.bam(31KB)
--------eg.fa(97KB)
--------create_fasta.pl(486B)
--------multimap_20.Aligned.out.sam(28KB)
--------bwa_h500.bam(2.33MB)
----RNA-seq-analysis()
----raw()
--------README.md(93B)
--------fetch_data.sh(1KB)
--------create_index.sh(2KB)
----analysis()
--------EBSeq_Vignette.Rmd(11KB)
--------compare_quant.Rmd(5KB)
--------compare_quant.html(730KB)
----kallisto()
--------quant.sh(561B)
----conda_env()
--------README.md(59B)
--------jellyfish.yml(130B)
----hisat_stringtie()
--------README.md(50B)
--------quant.sh(692B)
--------map.sh(939B)
----metadata()
--------ERR188245.runinfo.txt(997B)
--------ERR188257.runinfo.txt(996B)
--------ERR188104.runinfo.txt(996B)
--------ERR188401.runinfo.txt(996B)
--------ERR188428.runinfo.txt(996B)
--------ERR188383.runinfo.txt(996B)
--------ERR188337.runinfo.txt(997B)
--------get_run_info.sh(412B)
--------ERR188234.runinfo.txt(995B)
--------ERR188273.runinfo.txt(997B)
--------ERR188454.runinfo.txt(996B)
--------ERR204916.runinfo.txt(994B)
--------ERR188044.runinfo.txt(995B)
----src()
--------setup_samtools.sh(488B)
--------README.md(104B)
--------setup_rsem.sh(398B)
--------setup_star.sh(391B)
--------fetch_binaries.sh(3KB)
----scripts()
--------extract_fasta.pl(1KB)
----star_rsem()
--------run_id.txt(2KB)
--------README.md(6KB)
--------run.sh(629B)
--------sample_metadata.csv(77KB)
--------quant.sh(1KB)
--------img()
--------sample_metadata.txt(40KB)
--------get_runinfo.txt(15KB)
--------map.sh(2KB)