【文件属性】：
文件名称：汉明距离matlab代码-mCREATE:创造
文件大小：110KB
文件格式：ZIP
更新时间：2021-06-01 14:22:32
系统开源
汉明距离matlab代码创造
用于为
Kumar
等人的多路复用
CREATE
论文生成分析和绘图的示例代码。
(2019)。
代码分为三部分：对齐、变异分析和聚类。
Juypter
笔记本中给出的脚本是“演示”版本，在相关的“example_data”子文件夹中包含示例数据或输入文件。
结盟
先决条件
Alignment
使用
Python
3
和
Jupyter
notebooks，并依赖于以下
Python
包：
jupyter
pepars
protfarm
Pepars
和
Protfarm
可在其各自的
GitHub
存储库中找到：
辣椒：
农场：
脚本
align_and_export.ipynb
此脚本初始化
Protfarm
数据工作区，下载示例
FASTQ
文件，将它们与模板对齐，并计算和导出计数和浓缩数据。
有关
Protfarm
工作区和扩充的更多详细信息，请参阅存储库。
变异分析
变体分析包含一组脚本，用于对计数和扩充
Excel
表进行操作，这些脚本是通过
Protfarm
对齐和导出数据生成的。
运行这些脚本所需的时间大约为
2-5
分钟，具体取决于数据集
【文件预览】：
mCREATE-master
----.gitignore(3KB)
----README.md(4KB)
----LICENSE(2KB)
----alignment()
--------align_and_export.ipynb(8KB)
----variant_analysis()
--------heatmap_7mer.ipynb(5KB)
--------Reverse_primer_generator_11mer-spikein_synthetic_lib.ipynb(4KB)
--------example_data()
--------heatmap_588-89+library.ipynb(9KB)
--------Primer_generator_for_7mer_clones_588-589AAV9.ipynb(3KB)
--------mCREATE_supplementary_analysis.ipynb(13KB)
--------Primer_generator_for_11mer_clones_587-590AAV9.ipynb(3KB)
--------Reverse_primer_generator_7mer_synthetic_lib.ipynb(4KB)
----clustering()
--------hammDist.m(5KB)
--------clustering_example.m(119B)
--------example_data()