【文件属性】：
文件名称：sciPath:通过整合途径改善单细胞RNA-seq聚类
文件大小：23.76MB
文件格式：ZIP
更新时间：2021-03-26 10:20:51
Python
科学路径
通过整合途径改善单细胞RNA-seq聚类
内容描述
我们设计了一个框架（sciPath），以通过整合途径来研究现有单细胞聚类的准确性和鲁棒性，包括10种最新的单细胞聚类方法和4种途径数据库，途径整合方法和一套完整的评估指标。
准备工作
1.数据集演示数据集保存在".//Demo_data" ，包括scRNA-seq矩阵(".//Demo_data//matrix") ，路径(".//Demo_data//pathway")和单元格标签(".//Demo_data//label") 。
2.软件包安装脱机软件包和联机软件包的安装代码保存在".//package//package_install.R" 。
代号
1. clustering_by_gene_only.R 仅考虑基因水平信息的单细胞聚类，包括（1）K均值，（2）分级，（3）光谱，（4）DBSCAN，（5）SC3，（6）
【文件预览】：
sciPath-master
----Demo_data()
--------label()
--------matrix()
--------pathway()
----README.md(2KB)
----Supplement_Table()
--------Supplement_Table_2_The_Evaluation_Indicators.xlsx(228KB)
--------Supplement_Table_1_The_Clustering_Results.xlsx(1.54MB)
----package()
--------SOUP_ori.R(12KB)
--------SNN-Cliq.py(15KB)
--------package_install.R(1KB)
--------cidr_0.1.5.tar.gz(36KB)
--------SOUP_0.0.0.9000.tar.gz(9MB)
--------pcaReduce_1.0.tar.gz(4KB)