Jellyfish:快速多线程k-mer计数器

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文件名称：Jellyfish:快速多线程k-mer计数器
文件大小：773KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-06-06 03:07:12
C++ 海蜇 概述 水母是一种用于快速，有效记忆DNA中k-mer计数的工具。 k-mer是长度为k的子串，计算所有此类子串的出现是许多DNA序列分析的中心步骤。 通过使用哈希表的有效编码并利用“比较并交换” CPU指令来增加水母，水母可以使用比其他k-mer计数包少一个数量级的内存，并且比其他k-mer计数包快一个数量级，从而对k-mers进行计数并行性。 JELLYFISH是一个命令行程序，可读取包含DNA序列的FASTA和multi-FASTA文件。 它以二进制格式输出其k-mer计数，可使用“水母转储”命令将其转换为人类可读的文本格式，或通过“水母查询”查询特定的k-mer。 有关详细信息，请参见。 如果您在研究中使用水母，请引用： Guillaume Marcais和Carl Kingsford，一种快速，无锁的方法，可以高效地并行计算k-mers的出现。 生物信息学（2011）2