文件名称：mitohelper:线粒体辅助剂
文件大小：16.14MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-04-27 18:38:56
edna noaa-omics-software fish-edna-studies mitofish mifish
线粒体辅助剂 Mitohelper是用于鱼类eDNA研究的基于Python的线粒体参考序列分析工具。 对于感兴趣的研究人员很有用： 找出特定鱼类物种中是否存在线粒体参考序列/分类法（ getrecord在命令mitohelper.py ） 找出线粒体基因的特定区域进行了测序，其（通过对准与参考序列）（ getalignment在命令mitohelper.py ） 使用预先格式化的QIIME兼容核糖体RNA（12S或12S + 16S + 18S）序列和分类法数据库进行下游分析（可在QIIME-compatible文件夹中找到） 了解有关我们的数据处理管道和mitohelper算法的更多信息（有关所有细节，请访问 ！） 依存关系 在python 3.6.10上测试 对于本地blastn搜索，必须在系统路径中安装（特别是blastn ） 必需的python模块： 点击（v7.1.2
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mitohelper-master
----testdata()
--------getrecordOUT_L7.fasta(56KB)
--------blastnALN.alnpositions.tsv(277B)
--------species.query.txt(96B)
--------blastnALN.alnpositions.pdf(18KB)
--------Zebrafish.12S.ref.fasta(1KB)
--------getrecordOUT_L7_hits.tsv(66KB)
--------Ecoli.K12MG1655.16S.ref.fasta(2KB)
--------blastnALN.blastn.txt(5KB)
--------12S.test.fasta(54KB)
--------README.md(580B)
--------Zebrafish.18S.ref.fasta(2KB)
--------getalignment_out.PNG(205KB)
--------getrecordOUT_L7.taxonomy.tsv(5KB)
----QIIME-compatible()
--------README.MD(1KB)
--------12S-seqs-derep-uniq.qza(8.21MB)
--------12S-16S-18S-tax.qza(6.93MB)
--------12S-tax-derep-uniq.qza(470KB)
----mitohelper.py(10KB)
----MitoFish_download_links.MD(720B)
----requirements.txt(63B)
----db.scripts()
--------process_qiime2.sh(3KB)
--------createpickle.py(406B)
--------FotW5_classification()
--------getpickle.py(925B)
--------COI.unconventional.acc(27B)
--------12S.unconventional.acc(9KB)
--------make_ref.sh(1KB)
--------README.md(249B)
----README.md(10KB)