文件名称：asset:组装评估工具
文件大小：92KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-06-17 14:10:21
C
资产 组装评估工具 工作流程 资产可以使用来自四个平台（Pacbio，10X，Bionano，HiC）的测序数据来积累从头组装的支持证据。 您可以使用“来构建自己的管道。 依存关系 C库 zlib 第三方工具 小地图2 wa samtools RefAligner 运行程序（可选，仅在运行管道脚本run_asset.py时才需要） 安装 git clone https://github.com/dfguan/asset.git cd asset/src && make 成功编译后，将存在bin目录，将所有资产可执行文件保留在资产下。 前处理 给定一个程序集asm ，请使用以下命令进行预处理。 bin/detgaps $asm > $output_dir/gaps.bed 帕卡比加工 给定一个pacbio文件列表pblist和Assembly asm ，请应用以下命令来获取Pa
【文件预览】：
asset-master
----src()
--------det_gaps.c(2KB)
--------gen_pchlst0.c(6KB)
--------ast_bion.c(12KB)
--------kseq.h(9KB)
--------khash.h(21KB)
--------paf.h(637B)
--------ksort.h(6KB)
--------ast_10x.c(15KB)
--------ast.c(18KB)
--------paf.c(2KB)
--------bseq.h(2KB)
--------ast.h(3KB)
--------ast_pb.c(5KB)
--------bed.h(1KB)
--------kvec.h(3KB)
--------amap.h(2KB)
--------bseq.c(4KB)
--------bamlite.h(4KB)
--------ast_hic.c(15KB)
--------10x_trim.c(9KB)
--------amap.c(6KB)
--------bed.c(5KB)
--------cdict.c(7KB)
--------gen_pchlst.c(9KB)
--------union_beds.c(5KB)
--------makefile(2KB)
--------union_brks.c(8KB)
--------col_hic_lnks.c(20KB)
--------sdict.h(643B)
--------ast_bion_bnx.c(18KB)
--------version.h(559B)
--------split_fa.c(2KB)
--------cdict.h(2KB)
--------ast_hic2.c(43KB)
--------ast_hic.h(536B)
--------col_hic_lnks.h(705B)
--------bamlite.c(7KB)
--------acc.c(9KB)
--------sdict.c(3KB)
----scripts()
--------run_asset.py(26KB)
----README.md(5KB)