【文件属性】：
文件名称：filter_probes:过滤 Illumina HT-12 v4 探针以确定 HapMap CEU SNP 的存在
文件大小：14.69MB
文件格式：ZIP
更新时间：2021-06-20 02:52:23
Python
目的
群体中常见的单核苷酸多态性 (SNP) 会影响基因表达微阵列的杂交动力学。 这对于调查个体之间基因表达差异的研究来说尤其麻烦。
用法
克隆存储库：
git clone git@github.com:jdblischak/filter_probes.git
cd filter_probes
要按顺序运行，请运行：
snakemake -s make.py
要并行运行，请使用-c和-j选项将每个作业提交到您的网格计算系统。 这将根据您的设置而有所不同。 这是在我的工作集群上使用 Grid Engine 的示例：
snakemake -s make.py -j 30 -c "qsub -l h_vmem={params.h_vmem} -N {params.name} -V -j y -cwd -o {log}"
这将一次提交多达 30 个作业，每个作业请求为 Snakefil
【文件预览】：
filter_probes-master
----make.py(12KB)
----.gitignore(46B)
----data()
--------HumanHT-12_V4_0_R2_15002873_B.txt(67.52MB)
--------ht12_probes_snps_ceu_hg19_af_0.05_map_37.txt(1.91MB)
--------ht12_probes_snps_ceu_hg19_af_reduced.bed(3.35MB)
----README.md(3KB)
----analyze_probes.R(11KB)