【文件属性】:
文件名称:pyEntrezId:将Ensembl,Uniprot和HGNC ID转换为Entrez基因ID
文件大小:11KB
文件格式:ZIP
更新时间:2021-05-02 19:49:52
Python
PyEntrezId
Python软件包可在各种基因或蛋白质ID之间进行转换
概括
这是我发布的第一个程序包。 任何反馈将不胜感激! 我希望该项目可以作为初学者的示例,说明如何构造/编码简单的生物信息学工具。
我创建此程序包的原因是,我需要一个简单的工具来在用于标识基因,蛋白质等的多个ID之间进行转换。这之所以重要,是因为各种科研机构(NIH,EMBL等)托管的数据库有时具有不同的命名法描述相同的事物(基因,蛋白质,DNA,RNA等)。
讨论链接
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快速开始
$ pip install --upgrade pyEntrezId
例子
将Ensemble转录本基因ID转换为Entrez基因ID
from PyEntrezId import Conversion
EnsemblId = 'ENST00000407559'
# include your email a
【文件预览】:
pyEntrezId-master
----setup.py(1KB)
----.gitignore(50B)
----requirements.txt(119B)
----.travis.yml(168B)
----dist()
--------PyEntrezId-1.5.8.2.tar.gz(3KB)
----LICENSE(1KB)
----setup.cfg(41B)
----PyEntrezId()
--------__init__.py(35B)
--------Conversion.py(6KB)
----README.rst(4KB)
----tests()
--------__init__.py(0B)
--------tests.py(1KB)
----index.html(330B)
----CONTRIBUTING.rst(234B)
----MANIFEST(135B)