【文件属性】：
文件名称：pb-metagenomics-tools:pb-metagenomics-tools
文件大小：299KB
文件格式：ZIP
更新时间：2021-03-30 00:34:06
Python
PB-元基因组学工具
欢迎！ 在这里，您可以找到各种适合使用PacBio HiFi Reads进行宏基因组学的工具和管道。 除了当前可用的资源之外，我们将在开发新工具时继续添加新工具。
可用管道
：（以前称为Genome-Binning-Pipeline ）从HiFi宏基因组学组件中识别高质量的MAG。 简化的工作流程包括minimap2，MetaBAT2，CheckM和GTDB-Tk的步骤。 输出高质量的MAG序列和关联的元数据。
：为了进行分类学和功能分析，HiFi使用DIAMOND读取到蛋白质数据库并为MEGAN6准备输入。 提供对分类学分析（NCBI和GTDB）的访问，并允许基于来自多个数据库（EC，SEED，InterPro2GO，eggNOG）的注释进行功能分析。 是分析宏基因组样本的理想选择，但也可用于鉴定和表征非宏基因组数据集（例如植物/动物基因组测序项目）中存在的微生
【文件预览】：
pb-metagenomics-tools-master
----HiFi-MAG-Pipeline()
--------config.yaml(2KB)
--------inputs()
--------Snakefile-hifimags(9KB)
--------envs()
--------configs()
--------README.md(1KB)
--------scripts()
----Taxonomic-Profiling-Nucleotide()
--------config.yaml(2KB)
--------inputs()
--------Snakefile-taxnuc(4KB)
--------envs()
--------configs()
--------README.md(1KB)
--------scripts()
----docs()
--------Taxonomic-Functional-Profiling-Protein-Steps.png(32KB)
--------Genome-Binning-Steps.png(44KB)
--------Taxonomic-Profiling-Nucleotide-Steps.png(36KB)
--------MEGAN-RMA-summary-protein.png(58KB)
--------Tutorial-MEGAN-RMA-summary.md(27KB)
--------MEGAN-RMA-summary-nucleotide-fix.png(41KB)
--------Tutorial-Taxonomic-Functional-Profiling-Protein.md(23KB)
--------Tutorial-HiFi-MAG-Pipeline.md(22KB)
--------Tutorial-Taxonomic-Profiling-Nucleotide.md(21KB)
----pb-metagenomics-scripts()
--------Convert_metaphlan3_mpa_to_kreport.py(10KB)
--------Convert_MEGAN-NCBI-c2c_to_kreport-mpa.py(8KB)
--------Convert_kreport_to_mpa.py(3KB)
--------Convert_metamaps-KRONA_to_kreport-mpa.py(8KB)
--------README.md(22KB)
----LICENSE(2KB)
----Taxonomic-Functional-Profiling-Protein()
--------config.yaml(3KB)
--------inputs()
--------envs()
--------configs()
--------Snakefile-taxprot(2KB)
--------README.md(1KB)
--------scripts()
----.gitignore(11B)
----MEGAN-RMA-summary()
--------config.yaml(381B)
--------inputs()
--------Snakefile-summarizeProteinRMA(16KB)
--------Snakefile-summarizeNucleotideRMA(3KB)
--------envs()
--------configs()
--------README.md(2KB)
--------scripts()
----README.md(5KB)