文件名称：ologram-modl_supp_mat:OLOGRAM-MODL纸的补充材料
文件大小：38.47MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-05-07 18:11:47
Python
OLOGRAM-MODL补充材料 这是描述OLOGRAM-MODL的论文随附的代码。 它用于创建补充文件和论文的图形。 要运行它，首先使用conda conda env create -f ologram_modl_env.yaml创建一个包含pygtftk的conda环境。 这将从bioconda下载最新的pygtftk发行版并安装Snakemake，以及所有需要依赖的文件。 然后，要运行工作流本身，请使用以下命令： # Full run, where -j is the number of jobs in parallel snakemake -j4 # Dry run (nothing is done) snakemake -n -p --reason # Example: full run on a cluster, with qsub, on the "tagc" queu
【文件预览】：
ologram-modl_supp_mat-master
----.gitignore(242B)
----Snakefile(29KB)
----ext()
--------multovl-1.3()
--------spmf.jar(9.52MB)
----scripts()
--------pbmc_download_data.R(9KB)
--------matrix_to_bed.py(1KB)
--------modl_scaling_5.py(5KB)
--------combi_entropy_analysis.py(5KB)
--------modl_scaling_3.py(5KB)
--------modl_scaling_1_2.py(3KB)
--------modl_comparison.py(5KB)
--------modl_scaling_4.py(6KB)
--------murine_analysis.R(5KB)
----README.md(881B)
----ologram_modl_env.yaml(535B)
----input()
--------hg38.genome.bed.gz(223B)
--------desired_combis.txt.gz(185B)
--------mm10.genome.gz(201B)
--------mcf7_additional()
--------murine_chipatlas.txt.gz(385B)
--------DNAse-seq_MCF7_ENCSR000EPH_rep1_1_se_bwa_biorep_filtered_peaks_aka_ENCFF961ZCT.bed.gz(1.31MB)
--------hg19.genome.gz(219B)
--------mcf7()
--------artificial_simple.genome.gz(53B)
--------hg38.genome.gz(208B)
--------artificial_simple.genome.bed.gz(60B)
--------as_ginom()