MIRA:RNA突变的突变鉴定

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文件名称：MIRA:RNA突变的突变鉴定
文件大小：20.5MB
文件格式：ZIP
更新时间：2021-05-09 01:28:07
Python 米拉 RNA突变的突变鉴定 MIRA是识别与人类肿瘤中RNA加工相关的突变模式的管道。 MIRA通过将序列划分为长度为n的短kmer窗口（默认值：7），对沿基因基因座的显着突变区域（SMR）进行无偏搜索。 计算方法基于二项式检验，并针对局部核苷酸偏倚进行了进一步校正。 后来，如此获得的重要的kmers与基因区域重叠，并对富含突变的简单kmers进行了基序富集测试。 这些kmers，然后使用注释工具（如Deepbind）进行标记，并进行功能影响的下游分析。 请运行脚本“ lib / run_pipeline_MIRA.sh”以运行管道。 直接运行MIRA的命令： A.带有基因座标的重叠突变（MAF）文件 *命令将基因文件与MAF文件重叠 #1. Use fjoin.py to combine both files python MIRA/fjoin.py -s both -1 $input