linux命令行下使用R语言绘图

时间:2023-03-08 18:51:16
linux命令行下使用R语言绘图

系统:centos 6.4 64bit

环境安装参考:http://hi.baidu.com/solohac/item/4a18e78f1bef9b5825ebd99c

在R语言中可以使用png()等函数生成图片,例如: png("aa.png")可以生成图片。

但是如果你是通过shell远程连接到系统上,可能会碰到如下错误:

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> png("aa.png")
错误于.External2(C_X11, paste("png::", filename, sep = ""), g$width,  :
  无法打开PNG设备
此外: 警告信息:
In png("aa.png") : 无法打开链结到X11显示''

分析:

打开R控制台,输入capabilities(),可以看到:

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> capabilities()
    jpeg      png     tiff    tcltk      X11     aqua http/ftp  sockets
   FALSE    FALSE    FALSE    FALSE    FALSE    FALSE     TRUE     TRUE
  libxml     fifo   cledit    iconv      NLS  profmem    cairo
    TRUE     TRUE     TRUE     TRUE     TRUE    FALSE    FALSE

可以看到png为false,因为生成图片需要X11,但是shell是没有X11的。

怎么解决:

1.在X11模式下执行R语言命令,也就是在linux的桌面。如果你只是在桌面上画画图,那选择这个方式就可以了。

2.不使用X11生成,使用 图形渲染库Cairo。比如我,需要用脚本,根据实时数据生成统计图,那么用这个方式就很方便。

安装:

启动R控制台

R

安装

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install.packages("Cairo")

会让你选择安装镜像

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--- 在此連線階段时请选用CRAN的鏡子 ---
CRAN mirror
 1: 0-Cloud                       2: Argentina (La Plata)      
 3: Argentina (Mendoza)           4: Australia (Canberra)      
 5: Australia (Melbourne)         6: Austria                   
 7: Belgium                       8: Brazil (BA)               
 9: Brazil (PR)                  10: Brazil (RJ)               
11: Brazil (SP 1)                12: Brazil (SP 2)             
13: Canada (BC)                  14: Canada (NS)               
15: Canada (ON)                  16: Canada (QC 1)             
17: Canada (QC 2)                18: Chile                     
19: China (Beijing 1)            20: China (Beijing 2
选一个北京的好了:20

安装出错

configure: error: Cannot find cairo.h! Please install cairo (http://www.cairographics.org/) and/or set CAIRO_CFLAGS/LIBS correspondingly.

所以我们需要先在系统中安装cairo库

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yum -y install cairo* libxt*
安装完成之后,重新执行:install.packages("Cairo")
installing to /usr/local/lib64/R/library/Cairo/libs
** R
** preparing package for lazy loading
** help
*** installing help indices
** building package indices
** testing if installed package can be loaded
* DONE (Cairo)
下载的程序包在
‘/tmp/RtmpNlGyf3/downloaded_packages’里
更新'.Library'里的HTML程序包列表
Making 'packages.html' ... 做完了。

安装成功。

加载Cairo后,查看支持:

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> library(Cairo)
> Cairo.capabilities()
   png   jpeg   tiff    pdf    svg     ps    x11    win raster
  TRUE  FALSE  FALSE   TRUE   TRUE   TRUE   TRUE  FALSE   TRUE
说明已经支持用cairo生成图片了。
例如可以使用如下命令生成PNG:
CairoPNG(file="out.png",width=800,height=480)

附上一个测试小程序,主要为了说明用法:

#vim test.r

library(Cairo)

CairoPNG(file="out.png",width=800,height=480)

plot(5,4)

保存后执行:

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[root@localhost ~]# Rscript test.r
R version 3.1.0 (2014-04-10) -- "Spring Dance"
Copyright (C) 2014 The R Foundation for Statistical Computing
Platform: x86_64-unknown-linux-gnu (64-bit)
> library(Cairo)
> CairoPNG(file="out.png",width=800,height=480)
> plot(5,4)
>

在当前目录下可以看到生成了图片

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[root@localhost ~]# ll
总用量 84
-rw-r--r--. 1 root root  6832 5月  13 10:33 out.png
-rw-r--r--. 1 root root    71 5月  13 10:32 test.r