NCBI SRA数据库使用详解

时间：2023-03-09 18:21:31
NCBI SRA数据库使用详解

转：https://shengxin.ren/article/16

https://www.cnblogs.com/lmt921108/p/7442699.html

批量下载SRA http://www.360doc.com/content/18/0428/15/48272598_749456477.shtml

 我的下载的数据在/home/username/ncbi/public/sra

SRA（Sequence ReadArchive）数据库是用于存储二代测序的原始数据，包括 454，Illumina，SOLiD，IonTorrent，Helicos 和 CompleteGenomics。除了原始序列数据外，SRA现在也存在raw reads在参考基因的比对信息。

根据SRA数据产生的特点，将SRA数据分为四类：

  • Studies-- 研究课题

  • Experiments-- 实验设计

  • Runs-- 测序结果集

  • Samples-- 样品信息

SRA中数据结构的层次关系为：Studies->Experiments->Samples->Runs.

  • Studies是就实验目标而言的，一个study 可能包含多个Experiment。

  • Experiments包含了Sample、DNA source、测序平台、数据处理等信息。

  • 一个Experiment可能包含一个或多个runs。

  • Runs 表示测序仪运行所产生的reads。

SRA数据库用不同的前缀加以区分：

    • ERP或SRP表示Studies；

    • SRS 表示 Samples；

    • SRX 表示 Experiments；

    • SRR 表示 Runs；

使用：

　　搜索相关研究的疾病，选择相应数据集

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点击第一个案例进入详细信息界面

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Study详细信息页面

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Experiments详细信息页面

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Runs详细信息页面，选择要下载的Runs

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3、下载数据

要下载SRA数据，我们需要先安装SRA Toolkit软件包，下载地址：

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=software

根据自己的环境下载相应的软件包。

主要包括：

  • CentOS 32/64

  • Ubuntu 32/64

  • MacOS 32/64

  • MS Windows 32/64

以CentOS为例：

1、下载安装：

wget "http://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/current/sratoolkit.current-centos_linux64.tar.gz"

tar xzf sratoolkit.current-centos_linux64.tar.gz

2、运行下载

cd sratoolkit.2.5.7-centos_linux64/bin

./prefetch SRR2172038

下载完成后，会在你的工作主目录下生成一个ncbi的文件夹。

cd ncbi/public/sra

查看SRR2172038.sra数据

3、转换fastq

/sratoolkit.2.5.7-centos_linux64/bin/fastq-dump ./SRR2172038.sra

4、转换fasta

/sratoolkit.2.5.7-centos_linux64/bin/fastq-dump  --fasta ./SRR2172038.sra

批量下载SRA数据

1.新建文件，命令为prefetch_bash.sh   (感觉命名简单粗暴啊)

vi prefetch_bash.sh

#!/bin/bash

for id in  $(seq 1 5)    #记住该语法

do

　　prefetch SRR35899${id}

done

3.给文件一个可执行权限

chmod +755 frefetch_bash.sh

4.添加环境变量或者将其move到/usr/bin即可

添加环境变量：

vi ~/.profile

export PATH=/home/lmt/biosoft/data:$PATH

保存之后需source .profile

5.利用prefetch_bash.sh批量下载所需的SRR文件

在终端输入：prefetch_bash.sh

下载的SRR数据默认存放在：/home/lmt/ncbi/public/sra里

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