R处理xml文件

时间:2023-01-31 10:30:26

最近处理数据的时候需要处理一些xml文件,但是xml文件的格式之前并不是很熟悉。幸好R有一些函数可以帮助快速处理xml文件。其中的xmlToList函数尤其方便,可以使你从陌生的XML迅速回到熟悉的R的数据结构。

library(XML)
url_experiment = "ftp://ftp.ddbj.nig.ac.jp/ddbj_database/dra/fastq/DRA001//DRA001860/DRA001860.experiment.xml"
xml_experiment_list = xmlToList(url_experiment) # 将XML文件转化为R的list
head(xml_experiment_list)
ChIPseq_Library = sapply(xml_experiment_list, function(x) x$TITLE)
#处理转化为list的data即可

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