有时候我们需要使用C++处理bam文件，比如取出read1或者read2等符合特定条件的序列，根据cigar值对序列指定位置的碱基进行统计或者对序列进行处理并输出等，这时我们可以使用htslib库。htslib可以用来处理SAM, BAM,CRAM 和VCF文件，是samtools、bcftools的核心库。
|
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
|
#include <stdio.h>
#include <stdlib.h>
#include <htslib/sam.h>
using namespace std;
#define bam_is_read1(b) (((b)->core.flag&BAM_FREAD1) != 0)
uint8_t Base[16] = {0,65,67,0,71,0,0,0,84,0,0,0,0,0,0,78};
int main(int argc, char **argv)
{
bam_hdr_t *header;
bam1_t *aln = bam_init1();
samFile *in = sam_open(argv[1], "r");
htsFile *outR1 = hts_open(argv[2], "wb");
header = sam_hdr_read(in);
if (sam_hdr_write(outR1, header) < 0) {
fprintf(stderr, "Error writing output.\n");
exit(-1);
}
uint8_t *seq;
int32_t lseq;
uint32_t *cigar;
char* qname;
while (sam_read1(in, header, aln) >= 0) {
if (bam_is_read1(aln)){
sam_write1(outR1, header, aln);
}
else {
seq = bam_get_seq(aln);
lseq = aln->core.l_qseq;
qname = bam_get_qname(aln);
printf("%s\n",qname);
cigar = bam_get_cigar(aln);
for(int i=0; i < aln->core.n_cigar;++i){
int icigar = cigar[i];
printf("%d%d\n",bam_cigar_op(icigar),bam_cigar_oplen(icigar));
}
for(int i=0; i < lseq;++i){
printf("%c", Base[bam_seqi(seq, i)]);
}
printf("\n");
}
}
sam_close(in);
sam_close(outR1);
}
|
cigar值存储形式
32位int，通过bam_get_cigar获得地址，aln->core.n_cigar返回cigar operation的个数
•低 4位存储cigar operation；通过函数bam_cigar_op()获得operation
•高28位存储cigar值的长度；通过函数,bam_cigar_oplen获得
seq存储形式
8位int，4位存储一个碱基，1,2,4,8,15分别代表A、C、G、T、N，高四位存储坐标数较小的碱基，可通过bam_seqi(seq,i)遍历。
以上这篇C++使用htslib库读入和写出bam文件的实例就是小编分享给大家的全部内容了，希望能给大家一个参考，也希望大家多多支持服务器之家。
原文链接：http://www.cnblogs.com/ywliao/archive/2017/11/15/7823029.html